Counter-Strike lấy bối cảnh hai đội khủng bố (Terrorist) và chống khủng bố (Counter-Terrorist) đối đầu với nhau. Có nhiều kiểu chơi trong Counter Strike, nhưng phổ biến nhất là đặt bom (bản đồ DE_) và giải cứu con tin (bản đồ CS_), cụ thể như sau:

+ Nhiệm vụ đặt/gỡ bom (Bomb Defuse): Đội khủng bố có nhiêm vụ đặt bom (setting bomb) hoặc tiêu diệt toàn bộ đội chống khủng bố, đội chống khủng bố có nhiệm vụ tiêu diệt đội khủng bố hoặc gỡ bom (defuse bomb) do đội khủng bố cài đặt. Đội nào hoàn thành mục tiêu hoặc tiêu diệt phe đối địch thì coi như thắng vòng đó (trừ trường hợp đặc biệt như đội khủng bố đã cài bom nhưng bị đội kia quét sạch, vòng chơi vẫn tiếp tục đến khi một trong hai trường hợp xảy ra: bom nổ hoặc đội kia gỡ bom thành công). Tuy nhiên, trở ngại trong cách chơi này là thời gian. Trong một thời gian nhất định (thường là 2 phút) nếu đội khủng bố không kịp thiết lập quả bom trong thời gian quy định, đội khủng bố sẽ thua.

+ Nhiệm vụ giải cứu con tin (Hostage Rescue): Đôi khủng bố có nhiệm vụ ngăn chặn đội chống khủng bố giải cứu con tin. Còn đội chống khủng bố có nhiệm vụ giải cứu con tin hoặc tiêu diệt toàn bộ đội khủng bố. Trở ngại trong cách chơi này là thời gian. Trong một thời gian nhất định (mặc định là 5 phút) nếu quá thời gian quy định đội chống khủng bố sẽ thua.

Tuy có nhiều phương án nhưng người chơi đa phần thường hay kết thúc ván đấu bằng cách tiêu diệt hết đội bạn mà không cần phải thực hiện nhiệm vụ.

Ngoài ra còn có kiểu chơi hộ tống yếu nhân (người quan trọng): Một người trong đội chống khủng bố được chọn ngẫu nhiên là yếu nhân (VIP), chỉ được cầm khẩu lục USP. Đội chống khủng bố có nhiệm vụ hộ tống yếu nhân đến điểm đào tẩu, đội khủng bố có nhiệm vụ tiêu diệt yếu nhân đó.